Im bliżej było jednak końca XVI wieku, tym większe chmury gromadziły się nad wawelskim wzgórzem. Szlachta coraz bardziej niechętnie przybywała do odległego Krakowa, którego położenie, przy przesunięciu granic Rzeczypospolitej daleko na wschód, stało się jak na stolicę dość nietypowe. W roku 1595 pożar poważnie uszkodził zamkową bryłę i mimo, że odbudowano ją w stylu barokowym, tęskniący za swą rodzinną Szwecją król Zygmunt III Waza w 1619 roku przeniósł się wraz ze swym dworem bliżej Bałtyku, do prowincjonalnej Warszawy. Od tego czasu Wawel powoli tracił na znaczeniu, chociaż nadal w tamtejszej katedrze odbywały się koronacje władców Polski. Na początku XVII stulecia Władysław IV wzmocnił założenie nowymi bastionami. Fortyfikacje te nie pomogły w odparciu wojsk szwedzkich, które po trzytygodniowym oblężeniu zdobyły Wawel w 1655 roku i okupowały go przez dwa lata, kradnąc co się da. Krótki zryw kościuszkowski z 1794 przyniósł miastu okupację pruską. W roku 1795 pruscy żołnierze wtargnęli do zamkowego skarbca i zrabowali złoto (m.in. 6 koron, 4 berła, 4 jabłka, miecze i relikwiarze), które następnie przetopili na monety. To, co udało się uratować, tuż po powstaniu listopadowym ukradli Rosjanie. Po rozbiorach Wawel wpadł w ręce Austriaków, którzy urządzili tu lazaret i koszary wojskowe, a dziedziniec zamku dolnego zamienili w plac musztry. W 1905 cesarz Franciszek Józef I wspaniałomyślnie oddał zabytek narodowi polskiemu. Od roku 1920 do wybuchu II wojny obiekt stanowił reprezentacyjną siedzibę prezydenta Rzeczpospolitej. Podczas okupacji Kraków pełnił rolę stolicy Generalnej Guberni, a na Wawelu rezydował jej zbrodniczy szef Hans Frank. Po wojnie zamkowe budowle odrestaurowano i przeznaczono na siedzibę bodaj najdroższego muzeum w Polsce.




 Pierwszym murowanym budynkiem o charakterze obronnym była wieża, wzniesiona w pierwszej połowie XII stulecia w północno-wschodniej części wawelskiego grodu. Zbudowano ją z ciosów wapiennych i piaskowca na planie kwadratu o boku ok. 8 metrów. Obwodem warownym nadal pozostawał drewniano-ziemny wał, kilkakrotnie naprawiany i wzmacniany. Budowę gotyckiej warowni rozpoczęto od wzniesienia nowego pałacu z tzw. Wieżą Łokietkową, których fundatorem był albo Bolesław Wstydliwy albo Leszek Czarny. Późniejsze stadium rozwoju książęcego założenia stanowiła budowa kamiennych murów zamku z basztą Jordanką. Mur podzielił wówczas teren wzgórza na zamek górny z rezydencją panującego i zamek dolny z katedrą, kościołami, domami biskupów i możnych oraz zabudowaniami gospodarczymi.




 Za panowania króla Kazimierza Wielkiego rozbudowano gotycki pałac królewski oraz dokończono wznoszenie katedry. Przystąpiono również do prac, mających na celu wzmocnienie systemu fortyfikacyjnego poprzez postawienie obronnych baszt i nowej wieży o charakterze obronno-mieszkalnym. Powstała wówczas tzw. Baszta Złodziejska, która wzięła swą nazwę od mieszczącego się w niej więzienia, i w której przebywali m.in. wzięci do niewoli po bitwie pod Grunwaldem najemnicy krzyżaccy. Przy południowym odcinku muru obronnego usytuowano Baszę Panieńską oraz nie zachowane do naszych czasów baszty: Szlachecką i Tęczyńską. Również nie kochający Krakowa Władysław Jagiełło dbał o rozbudowę i unowocześnienie systemu umocnień. Podwyższył niemal cały obwód murów i wzmocnił go przez budowę przedmurza z wykuszami. Za panowania jego syna Kazimierza Jagiellończyka wymurowano dwie największe baszty. W północno-zachodnim narożniku zamku górnego stanęła Baszta Senatorska, zwana dawniej Lubranką, a w południowo-zachodnim narożniku zamku dolnego 40-metrowa Baszta Sandomierska.




 

Największe przekształcenia królewskiej rezydencji nastąpiły w XVI stuleciu. Obięły one głównie modernizację i rozbudowę kompleksu zabudowań reprezentacyjnych i mieszkalnych. W latach 1502-36 dostawiono do siebie kolejne budowle pałacowe, tworzące trzy skrzydła mieszkalne wokół pięciokątnego dziedzińca, zamkniętego od południa murem parawanowym. Dziedziniec ten otoczono bogato zdobionymi trzypiętrowymi krużgankami. Projektantami owej rozbudowy byli m.in. Franciszek z Florencji, Bartłomiej Berecci, mistrz Benedykt i Eberhard Rosenberg. W latach 1517-33 właśnie według projektu Berecciego wzniesiono efektowną Kaplicę Zygmuntowską. Na przełomie XVI i XVII wieku przekształceniom uległo północne skrzydło zamku, przeorientowane pod czujnym okiem Giovanniego Trevano dla Zygmunta III Wazy. Powstała wtedy reprezentacyjna klatka schodowa, tzw. Schody Senatorskie, oraz nowe wnętrza. Około 1640 rozpoczęto wznoszenie nowoczesnego systemu fortyfikacji, mającego odpowiadać ówczesnym wymogom obrony artyleryjskiej. Od strony południowej i północy zbudowano bastiony wzmacniane ziemnym szańcem. W roku 1794 ukończono - pod kierunkiem księcia Ludwika Wirtenberskiego - budowę dodatkowych obwarowań na planie gwiaździstym. Ostatnią kampanię umacniania wawelskiego wzgórza przeprowadzili zaborcy austriaccy, którzy w połowie XIX stulecia stworzyli tam nowy system obronny, składający się z pełnego obwodu murów kamienno-ceglanych oraz dwóch kaponier zwieńczonych krenelażem i zaopatrzonych w machikuły. Austriacy wyburzyli również stare budynki duchowieństwa katedralnego, stawiając na ich miejscu szpital wojskowy. Po wojnie zamek odrestaurowano w stylu renesansowym.